Es gibt ja an die 30 verschiedene Arten von Capsicum, die sich zum Teil leicht, zum Teil fast nicht unterscheiden lassen. 5 Arten werden im kommerziellen Anbau genutzt. Diese 5 sind:

• Capsicum annuum (größter Sortenreichtum, weltweiter Anbau)
• Capsicum baccatum (hauptsächlich in Südamerika verbreitet)
• Capsicum chinense (Yucatan, Karibik, Afrika)
• Capsicum frutescens (USA, Mexiko, Brasilien, Indien)
• Capsicum pubescens (Lateinamerika)

Capsicum annuum

annuum steht für einjährig, was eigentlich eine unkorrekte Bezeichnung ist, da sich im Prinzip alle annuums auch mehrjährig ziehen lassen. Zu dieser Gruppe gehören die meisten handelsüblichen Sorten wie Gemüsepaprika, Jalapeños, Anchos, Peperoni u.v.a.
Ihren Ursprung sollen die annuums im nördlichen Lateinamerika haben, erste Domestizierungen gab es in Mexiko bereits 2500 v.Chr. Durch die Reisen des Christopher Columbus wurden die annuums in Spanien und Portugal bekannt, was ihnen den Namen "Spanischer Pfeffer" einbrachte.

Capsicum baccatum

baccatum heißt beerenähnlich. Charakteristisch sind die cremefarbenen Blütenblätter mit gelben/grünen Farbtupfern. Umgangssprachlich heissen sie in Südamerika aji. Die Früchte sind länglich, die Samen cremefarben. Ihren Ursprung haben sie in Bolivien, Brasilien, Chile und Argentinien.

Capsicum chinense

chinense heißt aus China kommend. Diese Bezeichnung ist ebenfalls eigentlich falsch, da die chinense aus dem Amazonasbecken stammen. Die älteste intakte Frucht wurde in der Guitarrero-Höhle in Peru gefunden und auf die Zeit um 6500 v.Chr. datiert. Zu dieser Gruppe gehören unter anderem die extrem scharfen habaneros sowie die scotch bonnets.

Capsicum frutescens

frutescens bezieht sich auf den Wuchs und heißt busch- oder gestrüppartig. Es wird vermutet, dass die Wildform der frutescens Vorfahren der chinense waren. Zu dieser Gruppe gehören zum Beispiel die tabascos und die malagueta aus Brasilien.

Capsicum pubescens

pubescens heißt behaart. Erstmalig im Jahr 1794 von Ruiz und Pavon beschrieben, dürften als erste Chilis vor über 6000 Jahren domestiziert worden sein. Morphologisch unterscheiden sie sich stark von allen übrigen Arten: Die Samen sind schwarz/braun, die Blätter und Stängel behaart. Genetisch gibt es keine Wildformen von pubescens obwohl es eine Gruppe nahe verwandter Wildformen gibt:
Capsicum eximium in Bolivien und Argentinien
Capsicum cardenasii in Bolivien und
Capsicum tovarii in Peru.
Zu dieser Gruppe gehören die südamerikanischen rocotos und die mexikanischen manzanos.